Interiér kostela
Vnitřek stavby přejímá styl pozdní „sálové gotiky“; jeden síňový prostor je zde tvořen třemi stejně vysokými loďmi, které jsou rozděleny jen šesti štíhlými osmibokými sloupy. Ty podpírají krouženou síťovou klenbou s přetínanými žebry, která nad kůrem vybíhají do visutého svorníku. Prostor osvětluje sedmnáct vysokých oken zakončených jemnou kružbou. Několik z nich oživují vitráže - obrazy na skle z počátku 20. století.
Perlou vnitřního vybavení chrámu je kamenná kazatelna z roku 1540 zdobená slepou kružbou s trojlístky a liliemi. Vchod na ni překlenul oblouk ve tvaru „oslího hřbetu“ ozdoben akantovými listy a dvěma figurkami kameníků.
Na zábradlí uprostřed kůru si návštěvník může povšimnout znaku města Loun. Latinsky se město nazývá „Luna“, proto je luna-měsíc typickou součástí městského znaku a společně s hvězdou (či sluncem) symbolizuje běh času i křesťansko-biblické motivy (např. Krista a Pannu Marii).
Cínovou křtitelnici odlil roku 1518 lounský kovář Václav Klatovský. Kousek za ní je v renesančním portálu, který dříve vedl ke škole, zazděn náhrobní kámen pana Jana Hrušky z Března. Bronzovou část náhrobku slil roku 1568 proslulý zvonařský mistr Brikcí z Cimperka.
Dubové lavice z roku 1693 zhotovil blíže neznámý truhlářský mistr z Mostu. Na bocích nesou symbol města Loun - měsíc s hvězdou.
Tři monumentální barokní oltáře z lipového dřeva, zhotovené v letech 1701-1706, byly objednány u pražských umělců. Sochy jsou z dílny řezbářů Jeronýma Kohla a Františka Preisse, truhlářské práce provedl Marek Nonnenmacher a obrazy namaloval Jan Jiří Schummer. Jedinečně dochovaný model těchto oltářů (dnes ve sbírkách Národního muzea) i samotné dílo vypovídá o době, kdy se klasické formy raného baroka (hlavní oltář uprostřed) rozvíjejí do rozevlátých a mnohem dynamičtějších tvarů akantových rozvilin. Ty našly své uplatnění u obou bočních oltářů, které tak patří mezi první a zároveň největší díla svého druhu. K polychromii a zlacení kvůli nedostatku finančních prostředků nikdy nedošlo a oltáře si tak ponechaly svůj charakteristický, přirozeně dřevěný ráz.
Na hlavním oltáři vidíme „Narození Páně“, v nástavci pak obraz sv. Mikuláše. Po stranách stojí nadživotní sochy sv. Mikuláše a sv. Vojtěcha, v patře pak plastiky svatých Kateřiny, Barbory, Václava a Leopolda.
Jižní oltář nese obrazy Kázání sv. Jana Křtitele a nad ním sv. Jana Evangelisty (kopie z 19. stol.). Na protější straně vidíme oltář Nanebevzetí P. Marie a Nejsvětější Trojice.
Romantické Varhany v pseudogotické skříni postavil roku 1887 pražský varhanář Emanuel Štěpán Petr. V té době probíhala puristická rekonstrukce chrámu podle architekta Josefa Mockera. Zasáhla zejména jeho interiér: zmizelo sedm postranních oltářů, stříška nad kazatelnou a další barokní a „pozdější doplňky“.
Mistrovským dílem je soubor čtrnácti zastavení Křížové cesty z roku 1939 od sochaře Františka Charváta z Kutné Hory. Hluboké reliéfy jsou vyřezané podle obrazů Martina von Feuersteina, pozdního představitele nazaretského uměleckého směru. V téže době (1934) byla pořízena i velká socha Madony z dílny pelhřimovského řezbáře J. Hubáčka.