Z novodobé historie
V 60. letech 20. století započala rozsáhlá generální rekonstrukce celé stavby. Ačkoliv doba jiným památkám příliš nepřála, lounský kostel měl, podobně jako jeho mostecký protějšek, štěstí. Po opravě věže, jehož odklánějící se zdivo se přitáhlo kovovými kleštinami k tělu chrámu, se provedl důkladný stavebně-historický průzkum. Generálním projektantem se stal arch. Josef Jindrák z podniku SÚRPMO. Následovalo nákladné statické zajištění kostela: zpevnění mělkých základů jižní stěny a přesunutí váhy krovu z popraskaných sloupů na obvodové zdi ocelovou konstrukcí. Teprve pak bylo možno přikročit k opravě ostatních prvků stavby. Přitom se prostor pod kůrem proměnil v prosklenou zimní kapli a presbytář byl vybaven kamenným obětním stolem, ambonem, sedes a ministrantskými lavicemi, jak vyžadovala bohoslužba po 2. vatikánském koncilu. Podle návrhu Mons. Milana Bezděka, tehdejšího správce děkanství, realizoval moderní úpravu presbytáře lounský kameník Jiří Rusý. Náročné restaurování oltáře bylo svěřeno výtvarníku prof. Vladislavu Mirvaldovi a skupině jeho spolupracovníků. V roce 1990 byla oprava konečně dokončena a 23. června litoměřický biskup Josef Koukl nový kamenný oltář posvětil.
Za působení lounského děkana Wernera Horáka byl kostel doplněn uměleckými doplňky - skleněným procesionálním křížem, který nese ostatky litoměřické patronky sv. Zdislavy a oltářními svícny (obé dle návrhu Barbary Mutter-Šupitarové).
Tři malé zvony byly doplněny dvěma velkými - Václavem a Zdislavou.
Starý kašírovaný betlém nahradily řezby Tomiše Zedníka a v kapli byla instalována barokní Kalvárie z lounského kostelíka Čtrnácti sv. pomocníků. Posledním přírůstkem byl barokní varhanní pozitiv, který dlouho chátral v Mnichovském Týnci.
V roce 2008 byl posvěcen nový oltář, svatostánek a ambon v barokizujícím slohu. Navrhl P. Werner Horák, děkan. Kaple Nejsvětější eucharistie tak dostala jednotný styl s kostelem.